Arrêt maladie auto-entrepreneur : conditions et calcul 2026

1. Quelles règles selon votre statut

Les indemnités journalières des indépendants reprennent les règles des salariés, avec des adaptations (articles L. 622-1 et D. 622-1 et suivants). C'est votre CPAM qui les verse. Votre statut fiscal ne change pas le principe. Il change le revenu retenu, et parfois la durée.

Vous ne savez pas de quelle caisse vous relevez ? Regardez qui vous appelle vos cotisations de retraite. La liste des professions libérales rattachées à une caisse de professions libérales figure à l'article L. 640-1 du code de la sécurité sociale. Les avocats ont leur propre régime (articles L. 622-1 et L. 651-1), qui n'est pas traité ici.

2. Quatre conditions pour être indemnisé

Un arrêt prescrit. Il faut qu'un médecin, une sage-femme ou un chirurgien-dentiste, chacun dans la limite de sa compétence, constate que vous ne pouvez pas continuer ou reprendre votre activité (articles L. 321-1 et D. 622-3). Un arrêt prescrit pendant une cure thermale n'est pas indemnisé (D. 622-4).

Un an d'affiliation. Vous devez être affilié comme indépendant depuis au moins un an à la date du constat médical (article D. 622-1). Vous sortez du salariat ? Vos droits de l'ancien régime peuvent être maintenus, ou vos périodes d'affiliation prises en compte (L. 172-2). Signalez-le à votre caisse dès le début de l'arrêt.

Un revenu minimal. Si votre revenu d'activité annuel moyen des trois dernières années est inférieur à 10 % de la moyenne des plafonds annuels de la Sécurité sociale de ces années, l'indemnité est nulle (article D. 622-8). En 2026, ce seuil est de 4 582 € : c'est le montant que publie Service Public Entreprendre pour le seuil identique du congé de maternité (article D. 623-3). Une exception : si vous touchez le RSA ou la prime d'activité et n'avez pas choisi de payer des cotisations minimales, cette règle ne s'applique pas, et l'indemnité est calculée sur une base minimale (D. 622-9).

Des cotisations payées. Une année de cotisations pas entièrement réglée, et le revenu de cette année est réduit à proportion de ce qui a été payé. Si l'Urssaf vous a accordé un délai de paiement et que vous respectez l'échéancier à la date de l'arrêt, le revenu compte en entier (article D. 622-7). Se mettre à jour, ou obtenir un échéancier, protège donc aussi vos droits.

Quand rien n'est versé au titre de l'activité indépendante (article D. 622-2) : si vous touchez une pension d'invalidité des indépendants, un revenu de remplacement comme l'allocation chômage, ou des indemnités de maternité, de paternité, d'adoption ou de congé de naissance. Vous cumulez votre activité avec l'allocation chômage ? Vous gardez en principe les droits aux indemnités du régime dont vous releviez avant, en général celui des salariés (article L. 311-5). Signalez votre arrêt à France Travail et demandez à votre CPAM comment il sera indemnisé.

3. Le calcul : 1/730 de votre revenu moyen

La formule tient en une ligne. L'indemnité journalière est égale à 1/730 de la moyenne des revenus retenus pour vos cotisations d'assurance maladie des trois années civiles qui précèdent l'arrêt (article D. 622-7). 730, c'est deux fois 365 : vous touchez la moitié de ce revenu moyen ramené à un jour.

Ce revenu moyen est limité au plafond annuel de la Sécurité sociale, 48 060 € en 2026. L'indemnité ne dépasse donc pas 65,84 € par jour (Service Public Entreprendre), sauf pour les professions libérales de la Cipav et des autres caisses libérales (partie 1).

En micro-entreprise, le revenu retenu n'est pas votre chiffre d'affaires. C'est votre chiffre d'affaires après un abattement de 71 % pour la vente de marchandises, 50 % pour les prestations de services commerciales ou artisanales, 34 % pour les activités libérales (article L. 613-7, II). Dit autrement, on garde 29 %, 50 % ou 66 % de ce que vous avez déclaré, quelles que soient vos charges réelles.

Installé depuis moins de trois ans ? Le calcul se fait sur le revenu de la période réellement travaillée, ramené à une année (article D. 622-7, II). Un arrêt prolongé, ou un nouvel arrêt sans reprise entre les deux, garde le calcul de l'arrêt initial (même article).

Les indemnités sont des montants bruts : comme tout revenu qui remplace un revenu d'activité, elles supportent la CSG et la CRDS (article L. 136-1-2). Seule votre CPAM fixe vos droits.

4. À partir du quatrième jour, et pendant combien de temps

• Carence : les trois premiers jours ne sont pas indemnisés ; l'indemnité est versée à partir du quatrième jour d'arrêt (article R. 323-1, 1°). Pour une affection de longue durée, ce délai ne joue qu'au premier arrêt dû à cette même affection.
• Nombre maximal : 360 indemnités journalières sur une période de trois ans, une ou plusieurs maladies confondues (R. 323-1, 3°).
• Affection de longue durée : jusqu'à trois ans par affection si elle est prise en charge à 100 %, un an sinon (R. 323-1, 2°, dans sa version du 16 septembre 2026). Une reprise d'au moins un an fait repartir le délai.
• Professions libérales de la Cipav et des autres caisses libérales : à partir du quatrième jour, et 87 jours consécutifs au plus pour une même incapacité (D. 622-12).
• Durée de chaque prescription : un arrêt ne peut en principe pas dépasser 31 jours pour une première prescription et 62 jours pour une prolongation, sauf si le médecin justifie une durée plus longue (articles L. 162-4-1, L. 162-4-4 et R. 162-1-7-1). Pour rester indemnisée, la prolongation doit venir du médecin de l'arrêt initial ou de votre médecin traitant (ou de la sage-femme ou du chirurgien-dentiste), sauf impossibilité justifiée. Faire prolonger l'arrêt par un autre médecin, sans raison, peut donc coûter l'indemnisation.

Le temps partiel pour motif thérapeutique. Votre médecin estime qu'une reprise partielle aidera votre guérison ? Vous pouvez reprendre une partie de votre activité et recevoir la moitié de l'indemnité journalière, sans nouveau délai de carence, pendant 90 jours au plus (articles L. 323-3 et D. 622-10). Il faut en principe sortir d'un arrêt à temps complet indemnisé. En cas d'affection de longue durée, cet arrêt préalable n'est pas exigé et la durée peut atteindre 270 jours, sauf pour les professions libérales des caisses libérales (même article).

Pour un indépendant, c'est souvent la façon la plus douce de reprendre la main sur son entreprise, sans tout porter d'un coup.

5. Pendant l'arrêt : ce qui reste permis, ce qui ne l'est pas

• Heures de sortie. Si le médecin autorise les sorties, vous devez être chez vous de 9 h à 11 h et de 14 h à 16 h, sauf soins ou examens, à moins qu'il n'autorise les sorties libres (article R. 323-11-1).
• Travailler, même un peu : non. Un devis, un appel à un client, la fin d'un chantier ou une commande à livrer, c'est du travail. Organisez plutôt le relais avant l'arrêt ou dès son début (voir la check-list).
• Encaisser un paiement pour un travail fait avant l'arrêt : les textes interdisent l'activité, ils ne visent pas l'encaissement d'une facture déjà émise. Aucun texte ne le dit noir sur blanc pour autant : en cas de doute sur une situation précise, posez la question à votre CPAM et gardez sa réponse.
• Déclarer votre chiffre d'affaires : en micro-entreprise, la déclaration reste due à chaque échéance, même à zéro (voir notre guide Déclarer son chiffre d'affaires d'auto-entrepreneur). Confiez-la à une personne de confiance, ou programmez-la avant.
• Vos cotisations : en micro-entreprise, elles sont calculées sur le chiffre d'affaires encaissé. Pas de chiffre d'affaires, pas de cotisations ce mois-là. Au réel, les cotisations provisionnelles continuent d'être appelées : contactez l'Urssaf et votre expert-comptable pour ajuster ce qui peut l'être, ou demander un délai (voir notre guide Auto-entrepreneur : impôts et cotisations 2026).

6. Les démarches dans l'ordre

Le plus souvent, le médecin transmet l'arrêt en ligne et vous n'avez rien à envoyer. S'il est établi sur papier, envoyez l'original du formulaire signé à votre CPAM dans les deux jours qui suivent le début de l'arrêt (article R. 321-2) : un retard peut réduire vos indemnités. Gardez une copie de tout ce que vous envoyez.

Pour une affection de longue durée ou un arrêt de plus de six mois, la caisse organise régulièrement un examen conjoint par votre médecin traitant et le médecin-conseil. Vous devez vous y rendre (D. 622-6).

Si la fatigue s'est installée bien avant l'arrêt, lisez aussi notre guide Burn-out de l'entrepreneur : signes et aide. Pour une grossesse, ce sont les règles propres du congé de maternité qui s'appliquent : voir Congé maternité et paternité de l'auto-entrepreneur.

7. Avant et après : invalidité, prévoyance, trésorerie

Si la maladie dure. Quand votre capacité de travail ou de revenus est réduite d'au moins deux tiers, une pension d'invalidité peut être demandée au régime invalidité des indépendants. Elle vaut 30 % ou 50 % du revenu annuel moyen des dix meilleures années selon la catégorie, à condition de ne pas avoir atteint l'âge légal de départ à la retraite, d'être assuré depuis au moins douze mois et d'avoir suffisamment cotisé (Service Public Entreprendre). Si vous êtes en arrêt, c'est le médecin-conseil qui examine votre situation. Les professions libérales des caisses libérales relèvent du régime invalidité-décès de leur caisse.

La prévoyance complémentaire. Disons-le franchement : les indemnités du régime de base sont modestes, nulles sous le seuil de revenu, et ne démarrent qu'au quatrième jour. Un contrat de prévoyance privé peut compléter, avec des indemnités dès les premiers jours, un montant choisi et une garantie invalidité. Comparez les garanties, les délais de franchise et les exclusions, ligne par ligne. Au réel, ses cotisations peuvent être déduites du bénéfice imposable dans certaines limites (contrat dit Madelin). En micro-entreprise, aucune charge réelle n'est déduite : l'abattement forfaitaire en tient lieu (Service Public Entreprendre, régime micro-fiscal).

La trésorerie. Une réserve, par exemple d'un à trois mois de charges fixes, aide à traverser un arrêt sans prendre de décision dans l'urgence. Notre guide Gestion de trésorerie : le plan sur 12 mois vous aide à la construire.

8. Le calculateur et la check-list

Le calculateur estime votre indemnité. La check-list se remplit dès le premier jour d'arrêt, ou mieux, avant, à tête reposée, pour décider qui prendra le relais. Les deux sont dans le document Word offert avec ce guide.

9. Questions fréquentes

Un auto-entrepreneur a-t-il droit aux indemnités journalières ?

Oui, comme les autres indépendants, s'il est affilié depuis au moins un an et si son revenu annuel moyen, c'est-à-dire son chiffre d'affaires après abattement, atteint 4 582 € en 2026 (articles D. 622-1, D. 622-8 et L. 613-7). En dessous, l'indemnité est nulle.

Combien touche un auto-entrepreneur en arrêt maladie ?

1/730 de la moyenne de son chiffre d'affaires après abattement des trois années civiles précédentes, au plus 65,84 € par jour en 2026, à partir du quatrième jour d'arrêt (D. 622-7 et R. 323-1). Le calculateur de la partie 8 vous donne votre estimation.

Peut-on travailler pendant un arrêt maladie quand on est auto-entrepreneur ?

Non, sauf activité autorisée par le médecin. Une activité non autorisée oblige à rembourser les indemnités (L. 323-6). Pour reprendre en douceur, demandez à votre médecin un temps partiel pour motif thérapeutique (partie 4).

Faut-il déclarer son chiffre d'affaires pendant l'arrêt ?

Oui, à chaque échéance, même à zéro. Un mois sans encaissement se déclare quand même.

Je viens de créer mon entreprise : suis-je couvert ?

Il faut un an d'affiliation comme indépendant, mais les périodes passées comme salarié ou dans un autre régime sont prises en compte (L. 172-2). Si vous avez moins de trois ans d'activité, le revenu est calculé sur la période travaillée (D. 622-7, II). Interrogez votre CPAM dès le début de l'arrêt.

Sources. Code de la sécurité sociale, articles L. 136-1-2, L. 162-4-1, L. 162-4-4, L. 172-2, L. 311-5, L. 321-1, L. 323-1, L. 323-3, L. 323-6, L. 613-7, L. 613-8, L. 622-1, L. 622-2, L. 622-3, L. 631-1, L. 640-1, L. 651-1, D. 613-3, D. 613-4, D. 622-1 à D. 622-12, D. 623-3, R. 162-1-7-1, R. 321-2, R. 323-1 (version du décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026), R. 323-11-1, version à jour du 15 octobre 2026 (codes.droit.org), consulté le 16 octobre 2026 · Service Public Entreprendre : « Protection sociale du commerçant et de l'artisan », vérifiée le 8 octobre 2026 (conditions, carence, 65,84 €, 360 indemnités, temps partiel thérapeutique, invalidité, accidents du travail) ; « Protection sociale du professionnel libéral », vérifiée le 8 octobre 2026 (interlocuteur à partir du 90e jour) ; « Régime micro-social », vérifiée le 21 février 2026 (indemnités maladie, cotisations minimales) ; « Régime fiscal de la micro-entreprise », vérifiée le 13 mai 2026 ; pages lues le 16 octobre 2026 · Seuil de 4 582 € : Service Public Entreprendre, F23890 et F31233, pour le seuil identique du congé de maternité (articles D. 622-8 et D. 623-3). Les seuils en chiffre d'affaires, les exemples et le plafond des professions libérales sont nos calculs. Avertissement. Ce guide ne constitue pas un conseil juridique, social ou médical. Les montants sont bruts et calculés pour 2026 ; seule votre caisse primaire d'assurance maladie fixe vos droits. Réseau Actif n'est pas un service de l'administration et ne fournit aucun document officiel. Version. Document établi le 16 octobre 2026 par Réseau Actif, relu le 16 octobre 2026.